Der Name der Kirche verrät, dass in ihr nicht nur die biblischen Apostel eine besondere Rolle spielen. Die führenden Geistlichen der Neuapostolischen Kirche sind Apostel. Geleitet wird sie vom Stammapostel. Seit 2013 hat der Franzose Jean-Luc Schneider dieses Amt inne. Unterhalb des Apostelamts folgen in der Hierarchie der Kirche die Priester und Diakone, die in den Kirchenbezirken und Gemeinden tätig sind. Sie versehen ihren Dienst allesamt ehrenamtlich. Nur die Apostel sind hauptamtliche, also von der Kirche bezahlte Geistliche.
Organisatorisch ist die Kirche in 14 Bereiche aufgeteilt, die von den Bezirksaposteln geleitet werden. Juristisch gliedert sie sich in rechtlich selbständige Gebietskirchen, die oft ein Staatsgebiet umfassen, manchmal aber auch nur Teile davon.