Finanziert werden Bau und Unterhalt von Kirchengebäuden, Personal und Verwaltung ganz überwiegend durch freiwillige Spenden der Mitglieder. Sie leisten ihre Beiträge – traditionell „Opfer“ genannt – entweder anonym, indem sie ihr Geld in die „Opferkästen“ in den Gemeinden legen, oder sie überweisen ihre Spende. Daneben gibt es, in deutlich geringerem Umfang, weitere Einnahmen etwa durch vermietete Wohnungen in Kirchengebäuden oder auch Kapitalanlagen. Kirchensteuern erhebt die Neuapostolische Kirche nicht.
Um vor allem mit den freiwilligen Spenden der Mitglieder verantwortungsbewusst umzugehen, wird die Kirche bei der Verwaltung ihres Vermögens von einem Anlagegremium unterstützt. Es berät den Landesvorstand bei strategischen Entscheidungen und hat auch die Risiken bei Anlagegeschäften im Blick.