Der Name der Kirche verrät, dass in ihr nicht nur die biblischen Apostel eine besondere Rolle spielen. Die führenden Geistlichen der Neuapostolischen Kirche sind Apostel. Geleitet wird sie vom Stammapostel. Seit 2013 hat der Franzose Jean-Luc Schneider dieses Amt inne. Unterhalb des Apostelamts folgen in der Hierarchie der Kirche die Priester und Diakone, die in den Kirchenbezirken und Gemeinden tätig sind. Sie versehen ihren Dienst allesamt ehrenamtlich. Nur die Apostel sind hauptamtliche, also von der Kirche bezahlte Geistliche.
Organisatorisch ist die Kirche in 14 Bereiche aufgeteilt, die von den Bezirksaposteln geleitet werden. Juristisch gliedert sie sich in rechtlich selbständige Gebietskirchen, die oft ein Staatsgebiet umfassen, manchmal aber auch nur Teile davon. In Deutschland etwa gibt es drei Gebietskirchen, die alle Körperschaften des öffentlichen Rechts (K.d.ö.R.) sind und damit wie die großen Kirchen besondere Privilegien genießen.
Alle deutschen Gebietskirchen sind Körperschaften des öffentlichen Rechts (K.d.ö.R.). Ermöglicht wird dies durch das Grundgesetz, das in Artikel 9 auf Artikel 137 der Weimarer Reichsverfassung von 1919 verweist. Dort ist geregelt, dass Religionsgemeinschaften der Körperschaftsstatus verliehen werden kann. Mit ihm sind Privilegien verbunden wie etwa Steuervergünstigungen. Die Neuapostolische Kirche hätte beispielsweise auch das Recht, eine Kirchensteuer zu erheben, verzichtet aber darauf.